Il Mar Rosso, oltre ad essere considerato una appendice della regione indopacifica, è per i geologi un oceano in via di formazione, con una profondità che nonostante la sua scarsa estensione raggiunge i 2600 m.
Compreso in gran parte nella fascia tropicale e grazie anche all'isolamento dalle acque fredde profonde dell'Oceano Indiano, con cui comunque comunica attraverso lo Stretto di Bab el Mandel, presenta temperature particolarmente elevate (da un minimo di 17.5°C circa ad un massimo di 31°/32°C), ed un aumento di queste all'aumentare della profondità, una peculiarità che lo differenzia nettamente dagli altri mari.
Anche per quanto concerne la salinità il Mar Rosso è abbastanza singolare, infatti l'assenza di fiumi e la scarsità delle precipitazioni, nonché la sua localizzazione geografica e la notevole evaporazione (più forte verso nord) determinano un valore di questa superiore alla media. L'elevata temperatura, la salinità piuttosto costante e la trasparenza delle acque lo rendono un mare ideale per lo sviluppo dei coralli, che si organizzano in barriere costiere, se non a volte addirittura in microatolli. Le barriere costiere o barriere di frangenti sono barriere prossime alla riva, che si estendono parallelamente ad essa in vicinanza o separate da un tratto di acqua ovunque vi sia un fondale idoneo all'attecchimento dei coralli; inoltre presentano un accrescimento verso l'esterno, mentre la parte del reef più prossima alla riva risulta erosa.

Per quanto riguarda i microatolli e le barriere coralline vere e proprie, che rispetto alle precedenti si trovano a maggiore distanza dalla costa e sono separate da essa da uno spazio di mare ed una profondità maggiore, si trovano soprattutto al largo delle coste egiziane, del Sudan e dell'Arabia Saudita.
Gli abitanti dei reef trovano in queste strutture protezione, nutrimento e siti di deposizione per le uova; da qui la ricchezza animale e vegetale di queste aree, che fungono anche da substrato per numerosi organismi. Numerosi sono i coralli costruttori: Acropora, variamente ramificate a seconda delle specie (dalle formazioni a "corna di cervo" ad una organizzazione ad ombrello), e con colorazioni chiare, marroni o roseo-biancastre; Pocillora verrucosa o "madrepora lampone" per il caratteristico colore violaceo; Stylophora. o "corallo cappuccio", dai coralli piuttosto tozzi e con superficie ricoperta da sottili spine; Favites formato da colonie massicce; Favia favus o "corallo mosaico"; Pachyseris speciosa, con colonie organizzate tipo larghe foglie; Platygyra o "madrepora cervello" e varie specie appartenenti al genere Fungia o " madrepora fungo", riconoscibili per la forma discoidale, ovale o allungata e colorazione variabile dal marrone al verde.

Tra gli Alcionarii o "coralli molli" abbonda Dendronephthya, dalla struttura arborescente e colorazione vivace che vira dal rosso all'arancio o al violetto, mentre fra i Gorgoniacei è possibile osservare le specie, non sempre organizzate a ventaglio, appartenenti al genere Acabaria e le Juncella Juncea o "corallo frusta", simili a lunghi steli di colorazione rossastra del tutto privi di ramificazioni.
Fra i coralli ed i ventagli di gorgonie, si ritrovano svariati organismi più o meno mobili, come lo Spirobranchus giganteus o "verme albero di Natale" per il suo aspetto ad abete, numerosi Molluschi bivalvi, come la nota Tridacna gigas dai forti colori tendenti al blu-violetto del mantello o Pedum spondyloideum, visibile solo ad un attento esame ed i Nudibranchi, fra cui la rinomata Hexabranchus sanguineus o "ballerina spagnola", di un vivace colore rosso ed attiva soprattutto di notte, quando si muove in cerca di nutrimento. Facilmente riconoscibili anche il "riccio diadema" o Diadema setosum per le lunghe spine nere ed il "riccio matita" o Heterocentrotus mammillatus dagli aculei cilindrici e con apice arrotondato, nonché la "stella corona di spine" o Acanthaster planci dalle solide braccia coperte di spine e conosciuta ai più per la sua fama di distruttrice di coralli, dei cui polipi si nutre.

Chiunque si immerga in Mar Rosso, anche solo con pinne e maschera, rimane comunque sicuramente colpito dalla variopinta moltitudine di pesci che si trova di fronte. Di questi il 10% circa delle specie è endemica, si tratta cioè di una specie che vive in una determinata area geografica ed in questa soltanto, come lo Pseudochromis fridmani, un piccolo pesce di colore violetto fluorescente più scuro nella parte posteriore e Heniochus intermedius o "pesce farfalla bandiera del Mar Rosso", dalla caratteristica forma triangolare con bande nere verticali. Spettacolari sono poi gli incontri con il Cheilinus undulatus o "pesce Napoleone", dal corpo voluminoso contraddistinto da una grossa protuberanza frontale e labbra carnose, con le tartarughe marine, i delfini, i fitti banchi di serranidi color arancione splendente e le numerose specie di squalo, fra cui lo "squalo di scogliera a punte bianche" o Triaenodon obesus, il cui nome volgare deriva dalle estremità della pinna caudale e dorsale colorate di bianco, lo "squalo coda nera" o Carcharinus wheeleri, lo "squalo martello" o Sphirna mokarran e lo "squalo nutrice" o Nebrius ferrugineus, tutti presenti in questo mare.
Vivono in Mar Rosso anche la Taeniura lymna o "pastinaca a macchie blu", dal corpo schiacciato giallo-bruno a macchie blu sul dorso, la Torpedo sinuspersici o "torpedine marmorata del Mar Rosso" e la Aetobatus narinari o "aquila di mare", da non confondere con la Manta birostris o "manta", un pesce questo dalle grandi dimensioni e caratteristiche espansioni anteriori delle pinne cefaliche, utilizzate per convogliare il plancton verso la bocca.